A la base le Concordat fut signé en 1801 avec l’Église catholique.
Les autres « articles concordataires » concernant les protestants datent de 1802, et pour les juifs (judaïsme consistorial uniquement) de 1808.
Le choix de Napoléon était plus un choix de politique intérieure, qu’une volonté d’établir une ou des religions officielles. Juste après la révolution, l’Église était divisée entre un clergé réfractaire et un clergé constitutionnel.

La France hérite d’une histoire, comme elle hérite de ses châteaux ... d’un passif et d’un actif.

Vous semblez réduire cette loi de 1905 à une question purement comptable.
Puisqu’il existe un droit spécifique local pour des raisons historiques, (comme il existe des droits spécifiques pour la Corse ou les Dom-Tom) on pourrait suggérer à l’État de sortir de la comptabilité nationale ces 58 millions d’€uros et de les décentraliser vers les budgets des départements du Bas-Rhin, du Haut-Rhin et de la Moselle. Autant que ce soit l’Alsace-Moselle qui gère le problème, et qui entretienne cette spécificité par sa fiscalité.

La neutralité de l’Etat, n’est pas qu’une histoire de financement, la neutralité de l’Etat c’est surtout (de mon point de vue) d’éviter le mélange des genres, l’interférence et l’influence du religieux sur le politique, et réciproquement .
J’ai beau être croyant, je suis très anticlérical d’un point de vue politique au fait que la République ne (re)connaît que des citoyens égaux en droits.
Donc le clergé n’a pas voix au chapitre en tant que tel, puisqu’il n’est mandaté par personne pour représenter qui que que ce soit. Aussi il me paraît impossible de reconnaître aux membres du clergé (non élus), de quelques grades qu’ils soient, une quelconque représentativité démocratique, et une quelconque autorité politique.

L’Europe semble vouloir l’inverse en invitant les Etats à un dialogue ouvert, transparent et régulier avec les Églises, les communautés religieuses ainsi qu’avec les organisations philosophiques et non confessionnelles.
Elle compte donc privilégier ces membres de clergés comme partenaires et interlocuteurs politiques, alors même que les personnes qu’elles sont « censées » représenter, disposent eux-mêmes de droits de se constituer en associations, en partis politiques et d’être candidats à des mandats politiques  !

(notons au passage que le choix des partenaires de ce dialogue est à la discrétion de chaque État, gouvernement en fait  !!! Assisterait-on à la renaissance d’une caste religieuse européenne ?)

L’Europe me semble être une menace bien plus sérieuse d’atteinte à notre principe de laïcité que le cas marginal de l’Alsace-Moselle, et de l’intégration ou non d’autres organisations cultuelles excessivement minoritaires de bouddhistes, de musulmans, d’ athées, d’agnostiques, d’évangéliques, d’orthodoxes, de vieux catholiques, de marabouts .