Circulation des variants de SARS-CoV-2. Avons-nous perdu la main sur la pandémie de Covid-19 ? La liberté nous attend

 

 1) Prendre en main, perdre la main, perdre de vue, ces termes s’appliquent à l’épidémie de Covid-19 depuis la dépêche de la BBC datée du 3 janvier 2020 annonçant l’apparition d’un « virus mystère » à Wuhan avec des dizaines de cas graves. Depuis les événements se sont accélérés. Ce virus a déjoué les projections. Les optimistes ont vu leurs scénarios balayés par l’avancée du virus. Je reconnais m’être trompé à maintes reprises, comme du reste le professeur Raoult, ce qui n’est pas une excuse. Faire des erreurs en proposant des hypothèses permet de corriger le tir et de savoir ce qu’il en est. Cette méthode consistant à se tromper pour accéder à la vérité fut inventée par le savant perse Al Khwarizmi au IXe siècle afin de résoudre des problèmes algébriques. Nous n’avons pas cherché à tromper, c’est juste que le virus n’a pas suivi les projections optimistes dont les hypothèses ont dû être revues. Le Covid-19 repose sur un virus plus contagieux qu’on ne le pensait. De plus, il est bien plus virulent qu’une grippe saisonnière et il cause un tableau clinique sombre pour les patients âgés ou affectés par des pathologies chroniques, le cardiovasculaire et le surpoids notamment. La première vague a causé 30 000 décès en France et le nombre d’hospitalisations et réanimation a dépassé de loin ce que l’on observe pour une épidémie hivernale de grippe.

 

 2) Après le déconfinement, le virus a perdu de son intensité. L’hypothèse d’une saisonnalité fut émise, ainsi qu’une atténuation virale. Pendant les trois mois de l’été, une circulation à bas bruit fut constatée. D’aucuns ont espéré que la seconde vague n’allait pas arriver. Les faits ont montré le contraire. La positivité des tests a frémi lors des premiers épisodes de baisse thermique à l’approche de l’automne. Les réanimations ont amorcé une lente croissance. Je pensais fin novembre à une décrue de l’épidémie comme s’il s’agissait d’une épidémie grippale de trois mois. Sur ce point, je me suis aussi trompé. Le virus ne lâche rien et d’ailleurs, les courbes de certains pays montrent un impact appuyé du virus circulant depuis mars, au Brésil, aux Etats-Unis ou en Iran. Le Covid ne ressemble pas à une grippe ni à un banal rhume sauf pour une majorité de patients affectés par les formes light. J’avais émis l’hypothèse d’une circulation de deux populations virales, l’une causant une immunité et des symptômes léger, l’autre causant le Covid. Je me suis trompé. Cela confirme la présence d’un virus dont l’impact clinique n’a pas varié et dont les mutations ne jouent ni pour ni contre nous. Néanmoins, les variants issus de deux clades, l’un britannique, l’autre sud-africain, inquiètent la communauté scientifique.

 La seule fois où j’ai fait une projection juste, c’est le 2 novembre, lorsque le second confinement fut acté. J’avais prédit 5000 réanimations et un plateau à la mi-novembre et ce fut vérifié. J’avoue que la projection était un peu facile, effectuée sur quinze jours, comme pour la météo, avec des tendances appuyées et sans doute un effet cumulé des mesures sanitaires prises depuis un moment. Bref, on va dire que j’ai eu de la chance sur ce coup.

 

 3) La situation à Londres n’est pas sans rappeler celle de la Lombardie en février 2020. Le spectre d’une saturation des hôpitaux en France est revenu à l’ordre du jour. Déjà, quelques personnalités auxquelles les médias et les politiques accordent une autorité, laissent planer un nouveau confinement. Le président du conseil scientifique Delfraissy l’a glissé dans les médias. Axel Kahn juge vraisemblable et souhaitable un confinement aussi drastique que celui de mars 2020, en se basant sur l’hypothèse d’une circulation active des variants B.1.1.7 et 501Y.V2. Au sein du gouvernement, les messages d’alerte semblent préparer l’opinion à un nouveau confinement sans préciser quelles en seront les modalités. Des médecins ont déclaré inéluctable le confinement. Faut-il fermer les écoles, confiner, généraliser le couvre-feu à 18 heures ? Ces questions débattues dans les médias montrent que les journalistes ont perdu la main car nul ne se pose la question de la réouverture des lieux culturels alors que la situation sanitaire, même si elle est difficile, le permet.

 La France est sur le point de perdre la main sans que l’on ne soit certain qu’une situation à l’anglaise se produise, à l’image de la situation à l’italienne de mars 2020 vécue dans le Grand-Est et quelques régions françaises lors de la première vague. Les données cliniques montrent une stabilisation des hospitalisations et réanimations depuis quatre semaines mais le variant britannique est présent. Je veux bien tenter un scénario optimiste en supposant que ce variant n’aura pas d’incidence, ni prochainement, ni dans le mois qui suit. Et comme je me suis planté à chaque fois je ne ferai aucun pronostic. Ce sera la surprise. La seule chose certaine, c’est que si le variant britannique est plus contagieux, cela se verra car le variant a commencé à circuler en France. Pour l’instant, avec 20 à 25 000 cas quotidiens, la tendance est à la stabilisation et ne justifie pas un confinement, sauf si les autorités suivent les alarmistes.

 En Europe, nous étions habitués à une longue période de stabilité malgré des événements crisiques à répétition mais cette fois, la dimension tragique est de retour. Si une troisième vague arrive, la France va devoir trouver des ressources pour tenir. Nous entrons dans l’inconnu.

 

 4) Prendre la main comme le fit le gouvernement, garder la main comme persiste à le faire le gouvernement, prendre en main comme peine à le faire le gouvernement et au final, perdre la main comme le redoute le gouvernement. Qui du reste garde sous la main le confinement alors que la vaccination massive n’est pas encore à portée de main. La manipulation de la nature a des limites. Le SARS-CoV-2, c’est un peu le centre de gravité d’une crise. Nous n’avons pas la puissance pour nous sortir de ce champ de gravitation qui nous maintient dans la crise.

 

 5) La panique à Marseille, le variant britannique circule. Les autorités tentent l’impossible mais ils ont perdu la main et d’ailleurs serait-il préférable de ne pas chercher à garder la main sur ce virus mais plutôt de reprendre en main nos existences. Il va falloir s’habituer à vivre avec le virus et le Covid. L’immunité massive est en vue avec un nombre conséquent de décès. Le Covid ne fera pas plus de morts que le cancer en 2020 et en 2021. La vaccination a un intérêt pour les gens à risque. Elle ne stoppera pas la circulation d’un virus qui au gré des mutations pourrait contourner les mesures vaccinales. L’immunité acquise après une infection est bien plus robuste. Elle sera acquise d’ici un à deux ans.

 

 6) Le variant britannique inquiète plus que son « alter ego » sud-africain. Il serait plus contagieux sans que l’on ne sache pourquoi. La mutation N501Y existe depuis mars et n’a pas donné de signe particulier. C’est la combinaison de quelque 17 mutations qui confère à ce variant des propriétés spécifiques, pour autant qu’elles existent. Ne nous faisons pas d’illusions, ce variant a diffusé dans plus de quarante pays dont la France. 10 000 séquences ont été enregistrées au Royaume-Uni, mais ce chiffre élevé est la conséquence du nombre colossal de génomes analysés dans ce pays. Les quelques dizaines de séquençages positifs effectués en France indiquent que le nombre de variants B1.1.7 circulant doit être multiplié par dix voire plus. Il y aurait plus de mille variants britanniques disséminés. On ne peut pas stopper la circulation du variant sauf en arrêtant le pays. Un troisième confinement serait le signe d’une prise en main ratée de la seconde phase. Perdre la main, c’est aussi ce qui caractérise les médias de masse, qui ont perdu la main sur l’information scientifique. Pour le reste, les mutations incessantes du virus vont produire des variants pouvant contourner peu ou prou le vaccin. Cette course contre la montre semble aussi perdue et la seule issue reste l’immunité massique après infection virale, ce qui est difficile à accepter. Cette immunité doit être visée en complément de la vaccination ciblée sur les personnes à risque que l’on sait identifier maintenant. Les variants comme le britannique ou le sud-africains ne peuvent qu’émerger. La plupart des variants cumulent une divergence comprise en 25 et 40.

 

 7) La vie normale risque de ne pas reprendre avant 2022 sauf si nous le décidons. Il n’y a rien à attendre de 2021 sauf surprise. Il nous faudrait des forces intellectuelles, morales et spirituelles pour changer le destin. Si elles sont éteintes c’est que nous sommes les patients d’une malédiction collective. Nous pouvons les rallumer car nous ne sommes pas condamnés à la malédiction et nous avons la liberté. Etrange moment que cette année 2021. La France traverse une étape comme d’autres pays et elle devra se reprendre en main, mais comment et pour aller où ? Nous n’avons aucune visibilité sur le destin. Chacun s’agite et cause avec une vision à courte vue. 

 

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Annexe

 

Pour ceux que ça intéresse, quelques données sur les variants du clade britannique dont les mutations sont répertoriées mais dont les descendants ont accumulée d’autres mutations. On en arrive à des divergences nucléotidiques de 40, contre 24 pour le clade B1.1.7. alias 20I/501Y.V1

 

Pays concernés dans le rapport :

Royaume-Uni 9939, Danemark 76, Irlande 49, Pays-Bas 39, Portugal 35, Israël 29, Italie 26, Australie 18, Finlande 14, France 14, Suède 12, États-Unis 11, Slovaquie 10, Singapour 7, Espagne 6, Suisse 6, Nouvelle-Zélande 6 , Norvège 5, Allemagne 4, Brésil 4, Jamaïque 4, Corée du Sud 3, Inde 3, Luxembourg 3, Hong_Kong 3, Pakistan 2, Belgique 2, Canada 1, Oman 1, Liban 1

 

Mutations

 

aa : orf1ab : T1001I

aa : orf1ab : A1708D

aa : orf1ab : I2230T

del : 11288 : 9

del : 21765 : 6

del : 21991 : 3

aa : S : N501Y

aa : S : A570D

aa : S : P681H

aa : S : T716I

aa : S : S982A

aa : S : D1118H

aa : Orf8 : Q27 *

aa : Orf8 : R52I

aa : Orf8 : Y73C

aa : N : D3L

aa : N : S235F

 

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